وفي عام 2004 نظمت تونس كأس الأمم الأفريقية الرابعة والعشرين، واستغل المنتخب التونسي استضافته للبطولة فظفر بأول الألقاب في تاريخه بالفوز في النهائي على منتخب المغرب بهدفين مقابل هدف، وشهدت هذه البطولة مشاركة منتخبات رواندا وبنين وزيمبابوي في النهائيات لأول مرة في تاريخها.
وتراجعت إلى حد كبير القوى التقليدية في هذه البطولة، فودع المنتخب المصري البطولة من الدور الأول، بينما غادرت السنغال والكاميرون والجزائر المنافسات من ربع النهائي، أما منتخب كوت ديفوار فلم يتأهل إلى النهائيات من الأساس.
سيطرة مصرية
وشهدت آخر بطولتين لكأس الأمم الأفريقية سيطرة كاملة للفراعنة، حيث استضافت مصر البطولة الخامسة والعشرين، ونجح المنتخب المصري في الفوز بالبطولة الخامسة في تاريخه عقب تغلبه على أفيال كوت ديفوار في النهائي بضربات الترجيح (4-2)، عقب انتهاء الوقتين الأصلي والإضافي بالتعادل السلبي.
أما النسخة الأخيرة من النهائيات والتي استضافتها غانا عام 2008، فشهدت تنافساً شرساً بين منتخبات غانا ونيجيريا والكاميرون وكوت ديفوار التي اشتركت في هذه البطولة بالقوة الضاربة لها، ورغم ذلك فقد نجح المنتخب المصري غير المرشح تماماً في أن يثبت جدارته ويحافظ على لقبه بعد الفوز على منتخب الكاميرون في المباراة النهائية بهدف دون رد.